Depuis le 1er septembre 2026, la facturation électronique ajoute une nouvelle couche de données à celles déjà exploitées lors d’un contrôle fiscal d’entreprise
La vérification de comptabilité est en train de changer de dimension.
Depuis plusieurs années, l’administration fiscale dispose déjà d’un outil particulièrement puissant pour analyser la comptabilité d’une entreprise : le fichier des écritures comptables (FEC).
Lorsqu’une comptabilité informatisée entre dans le champ de l’article L. 47 A du Livre des procédures fiscales, une copie du FEC doit être remise au début des opérations de contrôle. L’administration peut alors effectuer des tris, classements et calculs afin de vérifier notamment sa concordance avec les déclarations fiscales de l’entreprise.
Depuis le 1er septembre 2026, une nouvelle étape est franchie avec le démarrage de la généralisation de la facturation électronique.
Toutes les entreprises concernées doivent désormais être en capacité de recevoir des factures électroniques. Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire sont, depuis cette même date, soumises à l’obligation d’émission, tandis que les PME et microentreprises entreront dans cette seconde obligation au 1er septembre 2027.
Surtout, le dispositif organise la transmission à l’administration de certaines données de facturation, de transaction et de paiement.
Pour les entreprises, la préparation d’une vérification de comptabilité doit donc progressivement intégrer une nouvelle question :
les données fiscales, comptables et de facturation racontent-elles toutes la même histoire ?
Le FEC reste le point d’entrée essentiel de la vérification informatisée
Le FEC n’est pas une simple extraction comptable destinée à satisfaire une obligation formelle.
L’article L. 47 A du LPF autorise expressément l’administration à effectuer sur le fichier des tris, classements et calculs afin de vérifier la concordance entre les écritures comptables et les déclarations fiscales.
Le vérificateur peut ainsi rechercher des incohérences, isoler certaines écritures, rapprocher des comptes ou analyser des opérations présentant des caractéristiques particulières.
Avant la première intervention, une entreprise a donc intérêt à vérifier que son FEC est non seulement techniquement conforme, mais également cohérent avec la comptabilité effectivement tenue et les déclarations déposées.
Un FEC techniquement exploitable n’est pas nécessairement un FEC fiscalement rassurant.
La première revue doit porter sur la cohérence entre comptabilité et déclarations fiscales
Avant un contrôle, l’entreprise doit être capable d’expliquer le passage de sa comptabilité à ses déclarations.
Pour l'impôt sur les sociétés, cela implique notamment de comprendre le passage du résultat comptable au résultat fiscal.
Les réintégrations et déductions extracomptables doivent pouvoir être rapprochées des comptes concernés et de leurs justificatifs.
Pour la TVA, il convient notamment de vérifier la cohérence entre :
chiffre d’affaires comptabilisé → opérations taxables → TVA collectée → déclarations de TVA.
La même logique vaut pour la TVA déductible :
factures fournisseurs → comptabilisation → conditions de déduction → TVA effectivement déduite.
Une anomalie n’est pas nécessairement synonyme d’irrégularité fiscale.
Mais une différence inexpliquée constitue naturellement un point susceptible d’attirer l’attention lors d’un contrôle.
Depuis septembre 2026, une nouvelle donnée entre dans l’équation : la facture électronique
C’est ici que l’actualité modifie progressivement l’approche.
La réforme de la facturation électronique concerne les opérations entrant dans son champ entre entreprises établies en France et assujetties à la TVA française.
À partir des factures électroniques, certaines données sont transmises à l’administration par les plateformes agréées.
L’administration indique notamment que peuvent être transmises des données telles que :
l’identification du fournisseur ;
l’identification du client ;
le montant hors taxes ;
le montant de TVA due ;
le taux de TVA appliqué.
Le dispositif est complété par l’e-reporting, qui organise également la transmission de certaines données de transactions et de paiement pour les opérations concernées.
Le contrôle fiscal disposera donc progressivement d’un nouvel ensemble d’informations structurées pouvant être rapprochées des déclarations et de la comptabilité.
La vérification de demain reposera de plus en plus sur des rapprochements
Une vente peut désormais laisser plusieurs traces.
Elle peut apparaître dans :
la facture électronique ;
les données transmises par la plateforme ;
le journal des ventes ;
le FEC ;
la déclaration de TVA ;
le chiffre d’affaires comptable ;
et finalement le résultat fiscal.
Ces données n’ont pas exactement la même fonction juridique ou comptable.
Mais elles décrivent une même opération économique.
La préparation du contrôle doit donc évoluer d’une logique de vérification isolée vers une logique de réconciliation des données.
La question devient moins : « ma déclaration de TVA est-elle correcte ? »
Et davantage :
« puis-je expliquer les différences éventuelles entre mes différentes sources de données ? »
Les comptes d’attente et écritures inhabituelles méritent une attention particulière
Une revue préalable à une vérification de comptabilité doit également identifier les écritures susceptibles d’appeler naturellement une question du vérificateur.
Les comptes d’attente constituent un exemple classique.
Un solde important, ancien ou composé d’écritures insuffisamment libellées peut nécessiter une reconstitution.
Il en va de même pour certains comptes comportant :
des écritures manuelles significatives ;
des opérations de fin d’exercice ;
des extournes importantes ;
des régularisations ;
des soldes anciens ;
ou des mouvements dont le libellé ne permet pas de comprendre immédiatement la justification économique.
L’objectif n’est évidemment pas de modifier artificiellement la comptabilité à l’annonce du contrôle.
Il est de comprendre les écritures existantes et de retrouver les pièces permettant de les expliquer.
Les opérations exceptionnelles doivent pouvoir être documentées
Certaines opérations méritent une revue spécifique en raison de leur montant ou de leur caractère inhabituel.
Cession d’un actif, abandon de créance, provision importante, indemnité, restructuration, opération intragroupe, charge exceptionnelle : ces événements peuvent avoir des conséquences comptables et fiscales importantes.
La préparation du contrôle doit permettre de réunir, selon l’opération concernée :
contrats ;
factures ;
conventions ;
décisions sociales ;
correspondances ;
calculs ;
justificatifs comptables ;
et analyse fiscale retenue au moment de l’opération.
Plus une opération est exceptionnelle, plus sa documentation contemporaine est importante.
La TVA devient un terrain privilégié de rapprochement des données
La réforme de la facturation électronique est directement liée à la TVA.
Les données transmises à l’administration comprennent notamment le montant HT de l’opération, le montant de TVA due et le taux appliqué.
Une revue précontrôle devrait donc porter notamment sur :
les taux de TVA appliqués ;
les règles d’exigibilité ;
les opérations exonérées ;
la TVA déductible ;
les avoirs ;
les factures rectificatives ;
les opérations intracommunautaires et internationales ;
et la concordance du chiffre d’affaires avec les déclarations déposées.
La facturation électronique ne remplace pas les règles juridiques de TVA.
Elle rend en revanche certaines données sous-jacentes beaucoup plus structurées et donc potentiellement plus facilement rapprochables.
Attention à une idée reçue : l’administration ne reçoit pas simplement « toute la comptabilité »
Il faut néanmoins éviter de présenter la réforme comme si la DGFiP disposait automatiquement d’une copie intégrale de la comptabilité de chaque entreprise.
Ce n’est pas le mécanisme.
Dans le cadre de la facturation électronique, les plateformes agréées extraient et transmettent à l’administration certaines données réglementaires des factures ainsi que les informations relevant du e-reporting.
Le FEC demeure, quant à lui, un fichier comptable remis dans le cadre des procédures fiscales prévues par le LPF.
Les deux dispositifs doivent donc être distingués.
Mais leur coexistence accroît les possibilités de rapprochement entre données économiques, comptables et déclaratives.
La première intervention ne doit pas être le moment où l’entreprise découvre son propre FEC
C’est probablement l’un des principaux enseignements pratiques.
L’article L. 47 A prévoit que la copie du FEC est remise au début des opérations de contrôle lorsque les conditions du texte sont réunies.
Attendre cette échéance pour ouvrir et analyser le fichier est donc particulièrement risqué.
Une revue préalable peut permettre d’identifier :
des libellés insuffisants ;
des écritures inhabituelles ;
des comptes présentant des mouvements importants ;
des ruptures de séquence ou anomalies techniques à examiner ;
des discordances avec les déclarations fiscales ;
des opérations nécessitant de retrouver leurs justificatifs.
Cette revue ne doit pas conduire à altérer la comptabilité remise à l’administration.
Elle doit permettre à l’entreprise et à ses conseils de connaître le fichier qui sera contrôlé.
L’avis de vérification permet déjà de délimiter le terrain du contrôle
La préparation commence naturellement par la lecture de l’avis de vérification.
L’article L. 47 du LPF prévoit qu’une vérification de comptabilité ne peut, hors régime particulier du contrôle inopiné, être engagée sans que le contribuable en ait été informé par l’envoi ou la remise d’un avis.
Celui-ci doit notamment préciser les années soumises à vérification et mentionner expressément la faculté pour le contribuable de se faire assister par le conseil de son choix.
La première cartographie du dossier doit donc identifier précisément :
les périodes contrôlées ;
les impôts concernés ;
l’entité ou l’établissement concerné ;
la date prévue pour la première intervention ;
et les documents qui devront être disponibles.
Il ne faut pas préparer « toute l’entreprise » indistinctement.
Il faut commencer par comprendre le périmètre juridique du contrôle annoncé.
Une revue précontrôle ne consiste pas à reconstruire la comptabilité
Cette distinction est fondamentale.
Préparer une vérification de comptabilité ne signifie pas réécrire l’histoire comptable de l’entreprise après réception de l’avis.
Il s’agit au contraire d’effectuer une revue critique de ce qui existe déjà.
Cette revue doit permettre de distinguer trois catégories de sujets :
les opérations régulières et correctement documentées ;
les opérations régulières mais dont la documentation doit être retrouvée ou organisée ;
les anomalies ou incertitudes nécessitant une analyse fiscale spécifique.
Cette classification permet de hiérarchiser le travail avant la première intervention.
Les échanges avec le vérificateur doivent eux aussi être préparés
La préparation ne concerne pas uniquement les documents.
Une vérification de comptabilité est une procédure contradictoire au cours de laquelle les explications fournies par l’entreprise peuvent avoir une importance considérable.
Il est donc utile de déterminer en amont :
qui sera l’interlocuteur du vérificateur ;
quelles personnes maîtrisent les sujets comptables et fiscaux ;
comment les demandes de pièces seront centralisées ;
comment les documents remis seront tracés ;
et comment les réponses techniques seront validées.
Une entreprise mal organisée peut fournir successivement des explications différentes sur une même opération.
Cette situation peut créer une difficulté là où il n’existait initialement qu’une question documentaire.
Facturation électronique : 2026 constitue le début d’une transition, pas son aboutissement
Il faut enfin conserver une lecture précise du calendrier.
Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises entrant dans le dispositif doivent pouvoir recevoir des factures électroniques.
À cette date, l’obligation d’émission concerne les grandes entreprises et les ETI.
Les PME et microentreprises devront émettre leurs factures électroniques à compter du 1er septembre 2027. Le calendrier du e-reporting suit celui de l’émission.
La transformation du contrôle fiscal sera donc progressive.
Toutes les entreprises ne disposent pas encore aujourd’hui d’un exercice complet intégralement couvert par les nouvelles obligations.
Mais le mouvement est engagé.
Pour les directions financières et les dirigeants, 2026 doit donc être considérée comme l’année où la cohérence entre facturation, comptabilité et fiscalité devient un chantier de contrôle interne à part entière.
Quels contrôles effectuer avant la première intervention ?
Une revue précontrôle efficace peut être structurée autour de plusieurs axes.
FECVérifier sa génération, son intégrité, sa conformité technique et comprendre les principales écritures qu’il contient.
TVARapprocher chiffre d’affaires, TVA collectée, TVA déductible, déclarations et principaux comptes concernés.
ISReconstituer le passage du résultat comptable au résultat fiscal et documenter les principaux retraitements.
Comptes sensibles
Examiner comptes d’attente, comptes courants, charges exceptionnelles, provisions, immobilisations et écritures significatives.
Pièces justificatives
S’assurer que les principales opérations peuvent être documentées.
Facturation électronique
Pour les entreprises déjà concernées, vérifier la cohérence entre les nouveaux flux électroniques, leur comptabilisation et leur traitement fiscal.
Organisation du contrôle
Déterminer les interlocuteurs et mettre en place une procédure interne de suivi des demandes et des pièces communiquées.
Cette préparation permet surtout d’éviter de découvrir une difficulté en même temps que le vérificateur.
À retenir
La vérification de comptabilité demeure une procédure strictement encadrée par le Livre des procédures fiscales.
Mais son environnement technique évolue rapidement.
Le FEC permet déjà à l’administration d’effectuer des tris, classements et calculs afin de contrôler la concordance entre les écritures comptables et les déclarations fiscales.
Depuis le 1er septembre 2026, la généralisation de la facturation électronique ajoute progressivement de nouvelles données structurées à l’environnement fiscal des entreprises. Toutes doivent désormais pouvoir recevoir des factures électroniques ; les grandes entreprises et ETI sont entrées dans l’obligation d’émission.
Les plateformes agréées transmettent par ailleurs à l’administration certaines données issues des factures, des transactions et des paiements concernés par le dispositif.
La préparation d’une vérification de comptabilité doit donc désormais aller au-delà de la seule collecte des factures et des grands livres.
L’enjeu est de vérifier la cohérence de toute la chaîne : opération économique → facture → comptabilisation → FEC → TVA → résultat fiscal.
Plus les données fiscales deviennent structurées et rapprochables, plus les discordances inexpliquées deviennent susceptibles d’être identifiées.
La meilleure préparation n’est donc pas de chercher à « corriger » le dossier à l’annonce du contrôle.
Elle consiste à connaître ses propres données avant que l’administration ne commence à les analyser.
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